Semaine du 9 au 15 janvier 2023 : Une semaine encore impactée par la grève de certains laboratoires de biologie médicale

Paru le 19/01/2023

Depuis octobre 2020, la Direction de la Recherche, des études, de l’évaluation et des statistiques (DREES) met régulièrement à disposition les données sur le volume et les délais de validation des tests RT-PCR et antigéniques. Ces résultats sont issus des données du système d’information SI-DEP.


Recul du nombre de tests RT-PCR naso-pharyngés, RT-PCR salivaires et antigéniques réalisés cette semaine
Entre le 9 et le 15 janvier 2023, 611 800 tests RT-PCR et antigéniques pour la détection du SARS-Cov2 ont été validés (dont 40,9 % de tests antigéniques), contre 719 800 tests (dont 50,8 % de tests antigéniques) la semaine précédente (-15 %). La diminution du nombre de tests continue, dans un contexte de grève de certains laboratoires les 9 et 10 janvier. Contrairement à la grève portant sur les transmissions des données dans SI-DEP du 2 au 8 janvier, qui a pu entrainer une sous-estimation du nombre de tests RT-PCR, la grève des 9 et 10 janvier portait sur l’ensemble de l’activité des laboratoires. Par conséquent, les évolutions sont à interpréter avec précaution, les données sur la semaine du 2 au 8 janvier pouvant être incomplètes, tandis que la grève des 9 et 10 janvier a pu limiter l’accès au dépistage et/ou entrainer un report vers les tests antigéniques.  Le nombre de tests est en baisse pour l’ensemble des tranches d’âge (graphiques 1A et 1B). Par rapport à la semaine précédente, les variations de volumes sont de :

  • -2 000 tests pour les moins de 16 ans (-4 %),
  • -16 900 tests pour les 16-25 ans (-25 %),
  • -25 900 tests pour les 26-40 ans (-20 %),
  • -39 400 tests pour les 41-65 ans (-17 %),
  • -11 200 tests pour les 66-75 ans (-10 %),
  • -12 000 tests pour les plus de 75 ans (-9 %).

Cette semaine, le nombre de tests RT-PCR salivaires est également en baisse (-11 %), 60,2 % d’entre eux ont été réalisés sur des enfants âgés de 11 ans ou moins (graphique 1C).

Graphique 1A • Nombre de tests RT-PCR et antigéniques réalisés par semaine glissante

Graphique 1B • Nombre de tests (RT-PCR et antigéniques) sur 7 jours glissants par tranche d’âge

Graphique 1C • Nombre de tests salivaires sur 7 jours glissants par tranche d’âge

Fortes variations de la proportion de tests antigéniques dans l’ensemble des tests selon l’âge et le département
Au cours de la semaine du 9 au 15 janvier 2023, les tests antigéniques représentent 40,9 % de l’ensemble des tests, mais cette proportion varie fortement selon l’âge : elle atteint ainsi 57,1 % chez les 16-25 ans contre 23,6 % chez les plus de 75 ans (graphique 2). On note également de fortes disparités territoriales (carte 1) : au cours de la semaine dernière, les départements pour lesquels la part de tests antigéniques est la plus importante sont la Guadeloupe (80,3 %) et Mayotte (68,2 %).

Graphique 2 • Proportion de tests antigéniques réalisés parmi le total des tests RT-PCR et antigéniques (en %) par tranche d’âge, en date de validation sur une semaine glissante

Carte 1 • Proportion de tests antigéniques par département (en %)

Des délais de validation stables
Sur l’ensemble des tests (RT-PCR et antigéniques) validés la semaine du 9 au 15 janvier 2023, la part des tests validés le jour ou le lendemain du prélèvement s’élève à 98 %, contre 99 % la semaine précédente (graphique 3). Pour les tests RT-PCR seuls, la durée médiane entre prélèvement et validation du résultat est stable à 0,3 jour (graphique 4). La part des tests RT-PCR validés en moins de 24 h est stable à 93 % (graphique 5). Plus de 9 départements sur 10 ont un délai médian entre prélèvement et validation du résultat d’un test RT-PCR inférieur à 12 h (97 %) (carte 2).

Graphique 3 • Part des résultats validés le jour ou le lendemain du prélèvement pour les tests RT-PCR et antigéniques

Graphique 4 • Évolution des délais entre prélèvement et validation du résultat pour les tests RT-PCR

Graphique 5 • Distribution des délais entre prélèvement et validation du résultat des tests RT-PCR

Carte 2 • Délais entre prélèvement et validation du résultat des tests RT-PCR par département

 

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Méthodologie
La DREES exploite les données pseudonymisées du système d’information SI-DEP, qui portent notamment sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés par les laboratoires d’analyse médicale, et comportent des informations à la fois sur les résultats des tests et sur leurs délais de réalisation. Le calcul des délais pour les tests RT-PCR se fait à partir de la date de prélèvement du test (jour, heure, minute), déclarée par le laboratoire, et de la date d’intégration (jour, heure, minute) du test dans le système d’information, intégration qui doit se faire très rapidement après la validation du test. Les délais ici présentés pour les tests RT-PCR correspondent aux délais entre la date de prélèvement et la date d’intégration des résultats dans SI-DEP. Cependant, la date d’envoi des résultats aux patients par le laboratoire peut être postérieure à l’intégration des résultats dans SIDEP. Les délais entre date de prélèvement et réception des résultats des tests RT-PCR par les patients pourraient donc être supérieurs à ceux mesurés via SIDEP. Les statistiques présentées portent sur l’ensemble des tests RT-PCR réalisés, en date de validation du résultat.

Depuis le 17 octobre 2020, les tests antigéniques sont autorisés dans le cadre des dépistages individuels. Ils doivent être remontés depuis lors dans la base SIDEP par les laboratoires. En revanche, la saisie d’information dans SIDEP pour les professionnels de santé n’est possible que depuis le 16 novembre 2020, et a connu une phase de montée en charge. Afin d’estimer le nombre total de tests antigéniques réalisés depuis entre le 17 octobre 2020 et fin novembre 2020 – période pendant laquelle la base SIDEP n’était pas exhaustive sur ce type de tests, la DREES a utilisé les données de l’Assurance maladie sur le nombre de tests remboursés en date de soins en complément des données renseignées dans SIDEP.

Par ailleurs, si une même personne a réalisé successivement deux tests, ces deux tests sont comptés. Les données sur le nombre de tests diffèrent de celles publiées par Santé publique France, en date de prélèvement du test.

Enfin, entre début mars et début juin 2020, préalablement au déploiement complet de SIDEP, la DREES a mis en place à la demande du centre de crise sanitaire du Ministère de la Santé un système d’information permettant de comptabiliser le nombre de tests RT-PCR réalisés en France, à partir des déclarations des sites réalisant les tests (et non les prélèvements comme dans SIDEP).

Dans le cadre de l’exploitation des données SIDEP, la DREES procède à quelques retraitements des données. En particulier, les tests remontés avec un pseudonyme manquant sont supprimés. Dans le cas d’un même test remonté plusieurs fois (mise à jour de certaines informations sur le patient par exemple), la DREES conserve la ligne la plus récente, à l’exception de la date d’intégration dans SIDEP dont on retient la valeur la plus ancienne, assimilée à la date de validation du résultat.